Segunda Temporada
Durante a temporada ocorrem algumas pequenas batalhas e contra-tempos, tais como: as férias frustadas de Ciclope com seu irmão Alex no Havaí, a luta entre Tempestade e Hungan, que queria tomar os poderes dela para dominar a África, o fato de que Boom-Boom foi morar na Irmandade depois de um problema com seu pai, um incidente envolvendo o Anjo, Magneto, Ciclope e Vampira em Nova Iorque, a formação das “Sereias de Bayville” para combater o crime, a caça feita ao Fera na floresta durante um passeio ao campo com os alunos, descobertas a respeito do passado de Wolverine, Magneto e o famoso Capitão América, durante a 2ª Guerra Mundial e a tentativa de Avalanche de passar a viver com os X-Men, mas que acabou não dando certo.
No final da temporada, Xavier treina rigorosamente os X-Men para enfrentar Magneto e a Irmandade. Ciclope deixa a equipe. A mansão é colocada no modo de autodestruição com os estudantes do instituto ainda dentro. Magneto recruta Dentes-de-sabre, Gambit, Pyro, e Colossus para lutar contra os X-Men e a Irmandade. Ao mesmo tempo, Wolverine é capturado por Bolivar Trask que usa-o como um teste para sua nova arma contra os mutantes, O sentinela. O sentinela é solto na cidade, forçando os X-Men a usarem seus poderes em público. Quando os mutantes que não foram capturados pelo sentinela retornam à mansão, a encontram toda destruída, mas os estudantes estavam a salvo, junto com Ciclope. Scott levanta Xavier da cadeira-de-rodas como demonstração de sua raiva, então Xavier calmamente se levanta e revela sua verdadeira identidade, ninguém menos que a insidiosa Mística.
